La deeptech Spore.bio fait tourner son système de détection de bactéries sur AWS

Lancée en janvier 2023, la jeune pousse française Spore.bio n'a pas perdu son temps. "Nous sommes dans le domaine de la microbiologie industrielle et travaillons sur les risques de contamination", indique en préambule son dirigeant et co-fondateur, Amine Raji. Ancien de l'industrie agroalimentaire, il a notamment travaillé chez Nestlé durant six ans à gérer leurs usines aux quatre coins du globe et les produits de consommation qui en sortent.

"J'étais très frustré des outils que nous avions pour s'assurer de la bonne qualité microbiologique de ce qui est produit", commente-t-il. "C'est vrai qu'il y a un gros risque de contamination par des bactéries, des agents pathogènes, des produits de grande consommation, que ce soit dans l'industrie agroalimentaire, pharmaceutique et cosmétique. Et la technologie la plus utilisée aujourd'hui est une technologie qui a 200 ans appelée la boîte de pétri".

Un mariage entre intelligence artificielle et photonique

Et si cette technologie est pour le moins très simple, elle possède une contrainte pour le moins importante : il faut attendre en moyenne cinq jours pour obtenir un résultat en raison du temps d'incubation. Amine Raji a donc quitté Nestlé et rencontré Maxime Mistretta, chercheur à l'Institut Pasteur, qui a développé une technologie basée sur l'intelligence artificielle et la photonique permettant de détecter des bactéries en l'espace de quelques secondes avec le même niveau de fiabilité que la boîte de pétri. C'est ainsi que Spore.bio est né.

Amine Raji et Maxime Mistretta ont donc construit ensemble un appareil utilisant des modèles avancés de machine learning, de la photonique et de l'optique capable de reconnaître des produits contaminés directement dans l'usine. "Nous avons entraîné d'importants jeux de données de produits contaminés et de produits non contaminés afin que l'appareil soit capable de reconnaître une signature propre à la présence des bactéries". Pour assurer cela, la start-up s'est tournée vers un géant de la tech, à savoir Amazon Web Services (AWS). 

AWS intervient sur tout un pan du travail de Spore.bio

En faisant tourner ses modèles de machine learning sur AWS, la start-up a pu construire au fur et à mesure une librairie spectrale de l'ensemble des bactéries existantes. La start-up utilise principalement les instances EC2 d'AWS pour entraîner ses modèles et "qui nous permettent d'avoir accès à une puissance de calcul beaucoup plus forte que ce que nous serions capables d'avoir sur site", analyse Amine Raji.

En complément, la start-up profite des solutions de stockage de données et de l'accès au pipeline de données. "Nous observons un échantillon pour aller reconnaître des signatures spectrales de bactéries. En clair, l'appareil prend une photo très poussée de l'échantillon et vient la comparer avec tout le jeu de données que nous avons construit en amont", nous explique Amine Raji. Et chacune de ces photos correspond à plus d'un giga de données, ce qui, cumulé, représente un nombre considérable de données. "Imaginez, nous faisons cela sur des millions d'échantillons".

Une dizaine de clients industriels internationaux

La création de cette base de données a d'ailleurs été un des éléments clés pour le développement de la start-up. Elle s'est notamment rapprochée d'industriels et d'académiques au moyen de partenariats afin de récupérer des échantillons et avoir accès à toutes ces données et alimenter la base de données nouvellement créée. Aujourd'hui, Spore.bio affirme présenter "un niveau de fiabilité comparable à la boîte de pétri".

A date, la start-up compte une dizaine de clients, tous de grands industriels, dont une bonne moitié est par ailleurs française, nous précise Amine Raji. "Nous avons signé des contrats avec des gros industriels de l'agroalimentaire, de la pharmaceutique et de la cosmétique qui ont des centaines d'usines partout dans le monde. Nous sommes en train de déployer les premiers prototypes et espérons que cela nous permettra de passer à un déploiement massif de notre technologie dans toutes ces usines-là".

Un avenir radieux

Le co-fondateur de Spore.bio ne cache par ailleurs pas son enthousiasme quant à l'avenir de la start-up. Passant de deux à une vingtaine de personnes en l'espace d'un an, elle a su s'implanter dans un secteur où l'utilisation de l'intelligence artificielle en est encore à ses débuts et continue de recruter dans les domaines du machine learning, de la photonique et de la microbiologie. Présente à Station F, la start-up a même fait le choix d'avoir ses propres laboratoires à l'hôpital Cochin dans le 14e arrondissement de Paris.

Amine Raji n'hésite pas à s'expliquer sur le choix d'AWS plutôt qu'un autre fournisseur cloud. "Jeune start-up dans le domaine de l'IA qui a levé pas mal de fonds, nous sommes fortement sollicités par les différents fournisseurs de cloud. Nous avons décidé de travailler avec AWS et jusqu'à présent cela se passe vraiment très bien, il y a un support client et un accompagnement de leur part que nous ne sommes pas sûrs de trouver ailleurs".

Et de conclure : "Nous avons une utilisation très non conventionnelle de l'IA, nous ne faisons pas un chatbot ou un LLM classique et AWS sait trier dans la palette de ses services les plus adaptés par rapport à notre cas d'usage, c'est un vrai différenciant".

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